Родился в с. Болтине (ныне Мытищинский р–н Московской области), в семье священника; с 1915 по 1917 гг. служил в царской армии, рядовым, в 185–м полку.
C 1917 г. Сергий Никольский был псаломщиком в с. Игнатьеве Ногинского уезда Московской губернии, с 1927 г. — стал диаконом.
Известно также, что в 1928 г. Сергий Никольский привлекался органами ОГПУ по ст. 58 п. 10 ч. 1 УК РСФСР за "антисоветскую деятельность". Но, пробыв в тюрьме на Лубянке чуть более двух недель, был освобождён.
В 1929 г. его "раскулачили" как служителя культа (в хозяйстве о. Сергия был дом, 9 га церковной земли и 2 коровы; всё изъяли).
В церкви Косьмы и Дамиана в Болшеве Сергий Никольский стал служить с 1932 г.; 19 января 1938 г. диакон был арестован в доме, где проживал, — на Школьной площадке, 23 (церковная сторожка).
При обыске у него забрали паспорт, церковную печать, Библию, "разную переписку" и журналы (какие именно, в документах Мытищинского отделения УНКВД не указано) и препроводили в Бутырскую тюрьму. Здесь он находился вместе с арестованным в тот же день настоятелем болшевской церкви Александром Русиновым.
В Постановлении об избрании меры пресечения (содержании под стражей) от 17 января 1938 г. указано, что Никольский, по мнению работников Мытищинского отделения УНКВД, "достаточно изобличается в том, что ведёт контрреволюционную агитацию и высказывает своё недовольство против отдельных руководителей партии и правительства".
Следователь допросил диакона трижды (все 3 допроса состоялись в один день, 20 января 1938 г.). Так же, как и Александр Русинов, Сергий Никольский свою вину не признал. В тот же день, 20 января, следствие было окончено; Русинова и Никольского обвинили в "контрреволюционной агитации", и 24 января все материалы дела передали на рассмотрение Тройки УНКВД Московской области.
26-го января оба были приговорены к расстрелу, а 31–го января 1938 г. на Бутовском полигоне приговор был приведён в исполнение.
